Cho đến sau năm 1471, thì đất đai của vương quốc Chăm Pa chỉ còn Harek Kah Harek Dhei (Phú Yên ngày nay) trở vào,.

Năm 1611, do người Chiêm Thành lấn chiếm biên ải, chúa Nguyễn Hoàng đã sai một viên tướng gốc Chăm là Văn Phong đưa quân vào dẹp loạn và đặt ra phủ Phú Yên gồm hai huyện Tuy Hòa và Đồng Xuân, phong cho Văn Phong làm lưu thủ đất này.[17]

Năm 1653, vua Chiêm là Bà Tranh xâm phạm biên cảnh, chúa Hiền (Nguyễn Phúc Tần) sai người đánh dẹp, người Chiêm đầu hàng. Nhân đó lấy đất từ Phú Yên vào đến sông Phan Rang đặt làm 2 phủ Thái Khương, Diên Ninh và gồm 5 huyện: Quảng Phước, Tân Định (thuộc phủ Thái Khương), Phước Điền, Vinh Xương và Hoa Châu (thuộc phủ Diên Ninh). Vùng đất này nay tỉnh Khánh Hoà. Sau đó chúa Nguyễn chiếm lãnh thổ Cao Miên ở vùng Biên Hòa ngày nay. Thế là Chăm Pa trở thành một lãnh thổ hoàn toàn bị bao vây, ở phía bắc giáp căn cứ quân sự nhà Nguyễn ở Cam Ranh và phía nam giáp căn cứ quân sự nhà Nguyễn ở Biên Hòa.

Năm 1692, vua Chăm tên Bà Tranh đã tấn công vào phủ Diên Ninh và dinh Bình Khang tức vùng Diên Khánh ngày nay. Chúa Nguyễn sai Nguyễn Hữu Cảnh đánh đuổi. Quân Chiêm và Việt đã giao tranh ác liệt tại Sông Lũy, quân Chiêm Thành bại trận, vua Chiêm và hoàng gia bị bắt.

Năm 1693, chúa Nguyễn Phúc Chu cho thành lập khu tự trị Thuận Thành Trấn tại vùng đất của Chiêm Thành, chúa Chăm được gọi là Trấn Vương, là thần hạ của chúa Nguyễn.